中心由滨州学院飞行学院负责规划、建设和管理，学校教务处、国资处负责监督指导，严格按照省级实验教学示范中心建设要求进行管理和建设。
（1）健全管理体制，明晰权责。
中心实行校院两级管理下的中心主任负责制，采用专兼职和人事聘用制相结合的用人机制，实行岗位管理、定期考核的管理机制。中心制定了《工作岗位责任制细则》、《贵重仪器设备管理制度》等文件，从行政管理、运行管理、设施设备管理等方面，明确权限，责任到人，落实到岗。
（2）保障教学运行，规范管理
规范设备管理，确保仪器设备的高效运行。制定了《大型精密仪器设备使用规程》、《开放实验管理办法》等文件，实施风险防控，维护运行安全。
规范教学过程，确保实验教学的中心地位。制定了《实验教学管理规定》《学生实验守则》等文件，规范师生行为，保障教学质量。
（3）改进质量监控，多元评价
制定了《实验教学质量监控和评价办法》等文件，通过网络评价、座谈交流、调查问卷、信息员反馈和第三方调查等方式，多角度全方位收集在校生、毕业生和用人单位的反馈意见，实现教学质量的多元评价和持续改进。
